Wine thường được gọi từ trình thông dịch dòng lệnh: wine [program.exe].[54]

winecfg

Có tiện ích winecfg khởi động giao diện người dùng đồ họa với các điều khiển để điều chỉnh các tùy chọn cơ bản.[55] Nó là một tiện ích cấu hình GUI đi kèm với Wine. Winecfg giúp cấu hình Wine dễ dàng hơn bằng cách không cần chỉnh sửa trực tiếp registry, mặc dù, nếu cần, điều này có thể được thực hiện với trình chỉnh sửa sổ đăng ký đi kèm (tương tự như regedit của Windows).

Ứng dụng bên thứ 3

Một số ứng dụng yêu cầu nhiều tinh chỉnh hơn là chỉ cài đặt ứng dụng để hoạt động chính xác, chẳng hạn như cấu hình thủ công Wine để sử dụng một số Windows DLLs. Dự án Wine không tích hợp các cách giải quyết đó vào codebase của Wine, thay vào đó chỉ muốn tập trung vào việc cải thiện việc triển khai Windows API của Wine. Mặc dù cách tiếp cận này tập trung phát triển Wine vào khả năng tương thích lâu dài, nhưng nó khiến người dùng gặp khó khăn khi chạy các ứng dụng yêu cầu giải pháp. Do đó, nhiều ứng dụng của bên thứ ba đã được tạo để giảm bớt việc sử dụng những ứng dụng không hoạt động ngoài hộp trong chính Wine. Wine wiki duy trì một trang các ứng dụng của bên thứ ba hiện tại và trước đây.[56]

• Winetricks là một tập lệnh để cài đặt một số thành phần cơ bản (điển hình là Microsoft DLL và phông chữ) và chỉnh sửa cài đặt cần thiết cho một số ứng dụng để chạy chính xác trong Wine Wine.[57] Nó hoàn toàn có thể tự động cài đặt một số ứng dụng và trò chơi, bao gồm áp dụng bất kỳ cách giải quyết cần thiết nào. Winetricks có GUI.[58] Dự án Wine sẽ chấp nhận báo cáo lỗi cho người dùng Winetricks, không giống như hầu hết các ứng dụng của bên thứ ba. Nó được duy trì bởi nhà phát triển Wine Austin English.[59]
• Q4Wine là một GUI mở để thiết lập nâng cao của Wine.
• Wine-Doors là một công cụ quản lý ứng dụng cho desktop Gnome có thêm chức năng cho Wine. Wine-Door là một giải pháp thay thế cho WineTools nhằm cải thiện các tính năng của WineTools và mở rộng ý tưởng ban đầu với phương pháp thiết kế hiện đại hơn.[60]
• IEs4Linux là một tiện ích để cài đặt tất cả các phiên bản Internet Explorer, bao gồm phiên bản 4 đến 6 và phiên bản 7 (bản beta).[61]
• Wineskin là một tiện ích để quản lý các phiên bản công cụ Wine và tạo trình bao cho macOS.[62]
• PlayOnLinux là một ứng dụng giúp dễ dàng cài đặt các ứng dụng Windows (chủ yếu là các trò chơi). Ngoài ra còn có một phiên bản Macintosh tương ứng được gọi là PlayOnMac.
• Lutris là một ứng dụng mã nguồn mở giúp dễ dàng cài đặt các trò chơi Windows trên Linux.[63]
• Bordeaux là trình quản lý cấu hình Wine GUI độc quyền chạy các ứng dụng winelib. Nó cũng hỗ trợ cài đặt các tiện ích của bên thứ ba, cài đặt các ứng dụng và trò chơi và khả năng sử dụng các cấu hình tùy chỉnh. Bordeaux hiện đang chạy trên Linux, FreeBSD, PC-BSD, Solaris, OpenSolaris, OpenIndiana,[64][65] và macOS.